Năm 1847, Tổng đốc An-Hà (An Giang và Hà Tiên) là Doãn Uẩn (1795-1850) vui mừng vì lập được đại công đánh đuổi được quân Xiêm La, bình định được Chân Lạp, nên đã cho xây dựng một ngôi chùa bằng tường gạch, nền cuốn đá xanh, mái lợp ngói; và đặt tên là Tây An tự với hàm ý trấn yên bời cõi phía Tây [1].

Năm 1861, Hòa thượng Hoàng Ân (Nguyễn Nhất Thừa) cho trùng tu lại chính điện và hậu tổ. Năm 1958, Hòa thượng Thích Bửu Thọ (1893–1972) đứng ra vận động xây dựng mới ba ngôi cổ lầu, mặt chính và ngôi chính điện, nên chùa có diện mạo như ngày hôm nay.

Vị sư trụ trì đầu tiên là Hòa thượng Nguyễn Văn Giác (1788–1875), pháp hiệu Hải Tịnh, tu theo phái Lâm Tế, nên có người còn gọi chùa Tây An là chùa Lâm Tế [2].

Cũng trong khoảng thời gian này (tức vào những năm 1850) ông Đoàn Minh Huyên (1807-1856), người sáng lập ra đạo Bửu Sơn Kỳ Hương (1849) đến tu tại chùa, nên chùa càng nổi tiếng.

Vườn tháp chùa Tây An

Các vị sư trụ trì chùa Tây An gồm: Hải Tịnh (thế danh Nguyễn Văn Giác), Hoàng Ân (thế danh Nguyễn Nhất Thừa), Huệ Quang (thế danh Nguyễn Trang Nghiêm), Thuần Hậu (thế danh Huỳnh Văn Đắc), Thiện Pháp (thế danh Ngô Văn Hòa), Thích Bửu Thọ (thế danh Nguyễn Thế Mật), Huệ Châu (thế danh Hồ Thạch Hùng), Định Long (thế danh Phạm Văn Trực), Huệ Kỉnh (thế danh Trần Văn Cung).[3]

Sách Đại Nam nhất thống chí viết về chùa Tây An như sau:

Chùa ở địa phận thôn Vĩnh Tế, huyện Tây Xuyên, nguyên tổng đốc Doãn Uẩn cho xây dựng năm Thiệu Trị thứ 7 (1847). Chùa đứng trên núi, mặt trước trông ra tỉnh thành, phía sau dựa vào vòm núi, tiếng người vắng lặng, cổ thụ âm u, cũng là một thắng cảnh thiền lâm vậy[4].[5]